El origen volcánico montañoso de Canarias, con alturas superiores a los 3.000 metros; la influencia de la corrientes marinas frías de las Canarias; los vientos alisios húmedos, originados por el anticiclón de las Azores; la cercanía al continente africano y otra serie de parámetros ambientales adicionales, han favorecido que las islas posean una rica y variada diversidad de climas y ambientes, que con el paso del tiempo distintas especies de flora y fauna, han ido colonizando, y en la que han ido evolucionando, aislándose y diferenciándose de sus ancestros continentales, creando nuevas formas de vida entre las que destacan seis especies de siete exclusivas, como son la paloma rabiche (Columba junoniae), la paloma turqué (Columba bolli), el pinzón azul de Tenerife (Fringilla teydea), pinzón azul de Gran Canaria (Fringilla polazetkii), mosquitero canario (Phylloscopus canariensis), reyezuelo de Tenerife (Regulus teneriffae) y la tarabilla canaria (Saxicola dacotiae), que tan solo vive en Fuerteventura.
En contra de lo que puede pensar mucha gente Fuerteventura posee una rica y variada avifauna, con habitats y especies únicas en el ámbito de la Unión Europea. Por estos valores ornitológicos la isla se ha convertido en un destino soñado para miles de observadores de aves europeos y norte americanos.
Las zonas costeras majorera albergan una gran diversidad de aves marinas, algunas de ellas con reducidas poblaciones a nivel europeo. La navegación entre Fuerteventura y Gran Canaria o Lanzarote durante los meses estivales o la observación con telescopio desde cabos o salientes costeros, por ejemplo Punta de Jandia o El Cotillo, nos puede dar gratas sorpresas en forma de pardelas cenicientas (Calonectris diomedea borealis), pardelas macaronesicas (Puffinus baroli) y pardelas pichonetas (Puffinus puffinus). Además de petreles de Bulwer (Bulweria bulwerii) y varias especies de paiños, como el de Madeira (Oceanodroma castro), paiño común (Hydrobates pelagicus) o el escaso paiño pechialbo (Pelagodroma marina), que tan sólo se reproduce en los islotes del norte de Lanzarote.
En los últimos años con el calentamiento y tropicalización de los ambientes marinos de las islas han comenzado a observarse con frecuencia algunas especies de aves de aguas tropicales entre ellas, el rabijunco etéreo (Phaethon aetereus), que recientemente ha comenzado a reproducirse en la isla.
En los ambientes semidesérticos, especialmente en los llanos del interior de la isla aparecen zonas formadas por amplios llanos pedregosos o arenosos, con escasa vegetación, bajas precipitaciones y un alto grado de insolación; son el hábitat de hubaras (Chalmidotys undulada), corredores (Cursorius cursor), camachuelos trompeteros (Bucanethes githagineus) y alcaravanes (Burhinus oedicnemus). Las mejores zonas para observar estas aves miméticas son los llanos de Tindaya y el Jable de Jandia.
Los barrancos de mediano y gran tamaño han ido modelando la orografía de la isla, estos lugares son poblados por algunas especies de gran interés para el observador de aves. Así, los barrancos de La Torre y Río Cabras son idóneos para la observación del tarro canelo (Tadorna ferruginea), chorlitejo chico (Charadrius dubius), cigüeñuela común (Himantopus himantopus) y la tórtola senegalesa (Streptopelia senegalensis), además de la rara tarabilla canaria, endemismo exclusivo de Fuerteventura. El barranco de Ajuy y Betancuria dan refugio entre los densos bosquetes de palmeras y tarajales, a algunas de las escasas parejas de la subespecie de herrerillo de las islas orientales (Cyanistes teneriffae degener).
La zonas más abruptas de la isla albergan en sus grandes paredes de roca a varias parejas de halcón tagarote (Falco peregrinoides), variedad norteafricana del halcón peregrino (Falco peregrinus), que se extiende desde Pakistán hasta Canarias. Además del amenazado “guirre” (Neophron percnocterus majorensis) una de las aves más escasas del archipiélago, que estuvo apunto de desaparecer y que con grandes esfuerzo ha sido recuperado.